Památník se nachází v historické přístavbě prvního nádvoří kláštera a skládá se z hlavního sálu a dvou podélných místností.

I. Hlavní sál
V hlavním sále se návštěvník seznámí s tématem vztahu státu a církve v letech 1948–1961 po mocenském ovládnutí politické scény v Československu komunistickou stranou. Prostřednictvím informativních tabulí s dobovými fotografiemi a archivními materiály je možné se seznámit s řízeným procesem likvidace řeholí v Československu a omezením svobody slova a demokracie, pronásledování duchovních osob i laiků a jejich odsouzení ve vykonstruovaných procesech, včetně dodnes nevyjasněných úmrtí některých obětí. Výstavní panely odhalují zákulisí tehdy zřízeného Státního úřadu pro věci církevní, Náboženské matice a dalších orgánů státního dohledu.

II. Místnost Tábory
Podélná místnost seznámí návštěvníka se neblahou historií Táborů nucené práce (TNP) zřízených na základě zákona č. 247/1948 Sb., a Nápravně pracovních táborů (NPT), jak byla pojmenována vězeňská zařízení ústavního nebo táborového typu k výkonu trestu odnětí svobody v letech 1955–1961, a to v souladu s Řádem pro NPT Ministerstva vnitra, vydaným v roce 1955. Činnost NPT byla upravena podle sovětských zkušeností a navazovala na praxi pracovních útvarů z let 1949–1954, které byly nejednotně označovány jako trestanecké pracovní tábory (TPT), pracovní útvary vězňů (PÚV), pracovní útvary odsouzených (PÚO) nebo pracovní útvary potrestaných (PÚP).

III. Místnost Věznice
Poslední místností okruhu návštěvní prohlídky je ukázka chodby z typizované věznice 50. let 20. století s ukázkou dvou samovazeb – „izolací“, z nichž jedna je otevřená a je tedy možné shlédnout i její jediné vybavení – sklopné lože na zdi. Návštěvník se tak může seznámit s poměry v československém vězeňství v období režimu nesvobody, kde zemřelo mnoho řeholníků a kněží. Na tabuli se nachází plánek táborů nucené práce a zařízení Správy sboru nápravné výchovy v ČSR a řada informací k organizaci vězeňství a postavení vězňů v letech 1950–1961. Zvláštní pozornost je věnována také výkonu trestu smrti a s ním souvisejícím tehdejším právním předpisům a jeho zneužití vůči politickým vězňům v dané době.